Les prestations de santé du CENOU sont organisées principalement autour de deux directions : la Direction des services de santé et de l’action sociale (DSSAS) et la Direction de la Mutuelle Nationale de Santé des étudiants du Burkina (MUNASEB).
 
La DSSAS contribue à la mise en œuvre de la politique nationale de santé au profit des étudiants.
 
La DSSAS assure les visites médicales classiques. Elle dispose également d'un laboratoire d'analyses médicales, d'un dépôt pharmaceutique, d'équipements pour les soins dentaires et ophtalmologiques, de salles d'hospitalisation et d'une ambulance pour les évacuations en cas d'urgence.