Le secrétariat général du CENOU est dirigé par un Secrétaire général nommé par décret pris en Conseil des ministres sur proposition du ministre chargé de la tutelle technique.
 
Le Secrétaire général assiste le Directeur général dans l’application de la politique du CENOU.
Pr Salaka SANOU
Il assure l’intérim du Directeur général en cas d’absence de ce dernier. Il est chargé de la coordination administrative et technique des directions centrales et des centres régionaux. Il est chargé de la coordination administrative et technique des directions centrales et des centres régionaux. Il assure l’intérim du Directeur général en cas d’absence de ce dernier.
 
Le secrétariat général du CENOU comprend :
 

• Les services du Secrétaire général ;
• Les directions centrales ;
• Les centres régionaux des œuvres universitaires.